Komise pro soupis a studium rukopisů při Archivu Akademie věd České republiky navazuje ve své činnosti na program své předchůdkyně, Komise pro soupis rukopisů při České akademii věd a umění, zřízené roku 1906 pro účely soupisu rukopisů českých knihoven a archivů, jakož i rukopisných bohemik uložených v zahraničních sbírkách. Tato rukopisná Komise neměla v programu vlastní pořizování nových rukopisných soupisů, ale zajišťovala pouze jejich posouzení a vydání. Členové se roku 1907 dohodli na prvních zásadách popisu, které stanovily údaje, jež se při popisu rukopisů mají uvádět. Jako vzor měl sloužit katalog rukopisů pražské Universitní knihovny od Josefa Truhláře. Z Historického spolku vzešel poté návrh, aby Komise vypracovala seznam knihoven, jejichž rukopisné fondy by si zasloužily přednostní zinventarizování, a na základě konkursního řízení vybrala vhodné pracovníky, kteří by se práce ujali. Válečné události, vznik nového státu a finanční obtíže však způsobily, že z plánů sešlo. Vydávání soupisů se na delší dobu zastavilo a koncem 20., respektive začátkem 30. let byly vydány jen menší soupisy rukopisných bohemik v zahraničí. Oživení přinesl teprve konec 2. světové války. Komise se zapojila do akce ministerstva školství a osvěty, která měla zjistit škody, jež za války utrpěly naše knihovny, archivy a muzea a navrhnout případnou náhradu. Počátkem 50. let pak vyvstal před Komisí úkol zpracovat rukopisné fondy církevních a některých soukromých knihoven, jež přešly pod státní správu.
Obrat nastal po ustavení Československé Akademie věd. Předseda bývalé Komise pro soupis rukopisů ČAVU Václav Vojtíšek podal návrh na zřízení nové Komise pro soupis rukopisů v Československu a rukopisných bohemik v zahraničí; návrh byl schválen 24. 4. 1953. Administrativně a hospodářsky byla Komise pro soupis a studium rukopisů přičleněna 1. 1. 1955 k Archivu ČSAV. Předsedou se stal Václav Vojtíšek, tajemníkem Jiří Kejř. Nové Komisi bylo stanovami uloženo provádět a koordinovat výzkum a soupis rukopisů literární povahy v knihovnách, archivech, muzeích i jinde uložených sbírkách. V tom byl zásadní rozdíl mezi oběma Komisemi – rukopisná Komise ČAVU byla pouze Komisí vydavatelskou bez vlastních pracovníků, zatímco pracovníci nového útvaru výzkum sami prováděli a připravovali k vydání nové soupisy. Soupisy byly prováděny moderním vědeckým způsobem na základě poznatků a zásad vědy o rukopisech – kodikologie, jak to bylo zakotveno i ve stanovách rukopisné Komise. Programově uvedl tuto novou vědu, která se záhy zařadila mezi ostatní pomocné vědy historické, Václav Vojtíšek. Od roku 1962 vydávala Komise sborník Studie o rukopisech; původně byl zamýšlen jako občasník, avšak dostatek vhodného materiálu umožnil vydávat Studie o rukopisech pravidelně každý rok.
Václav Vojtíšek opustil Archiv ČSAV roku 1968 a místo ředitele převzal Václav Vaněček, který se stal i předsedou rukopisné Komise. Pracovní program byl upřesněn roku 1969; kmenovým úkolem byl stanoven souborný katalog rukopisů. Tak se základním plánem soupisových prací stala myšlenka, s níž již v 1. desetiletí 20. století vystoupil v Historickém spolku Jaromír Čelakovský a kterou znovu oživil na počátku 50. let Václav Vojtíšek. Tento systematický projekt, jehož hlavním cílem je zpřístupnění veškerého našeho rukopisného bohatství, v sobě soustřeďuje řadu dílčích úkolů, vesměs ovšem podřízených celkové koncepci. Jde o evidenci rukopisných fondů, vypracování obecně platných zásad popisu rukopisů, fondové soupisy vybraných sbírek a vytvoření pomocného soupisového aparátu. Dlouhodobý plán, analogický činnosti v ostatních evropských zemích, je ovšem prováděn postupně po etapách a jeho dokončení by se měly dočkat až příští generace. V souladu s projektem byly průběžně zpracovávány rejstřík incipitů a rejstřík písařů, recentní i retrospektivní bibliografie kodikologické literatury a sbírka fotodokumentace. Pokračovalo vydávání katalogů některých jednotlivých rukopisných fondů. Důležitým výsledkem bylo vydání Zásad popisu rukopisů roku 1983, které vytvořily východisko k jednotnému zpracování popisů jak fondových, tak i jednotlivých kodexů, které se stanou základem souborného katalogu. V období 80. let, kdy činnost Komise byla značně ztížena, pokračovala především evidence rukopisných fondů. Byly revidovány došlé údaje a započata příprava Průvodce po rukopisných fondech.
Ke změnám došlo po listopadu 1989. 25. 6. 1990 se po pěti letech sešla na svém zasedání Komise pro soupis a studium rukopisů, která se od té doby schází opět pravidelně dvakrát ročně. Jako prioritní úkol bylo schváleno dokončení evidence rukopisných fondů, jejímž konečným výstupem bude Průvodce po rukopisných fondech v Čechách, na Moravě a ve Slezsku, stranou pozornosti však nezůstalo ani dokončení všech rozpracovaných fondových soupisů. V průběhu několika let se podařilo doplnit rukopisné oddělení o další pracovníky a došlo rovněž k doplnění Komise pro soupis a studium rukopisů o další členy. Na zasedání 22. 6. 1992 byly projednány navržené změny ve statutu rukopisné Komise; nový statut byl schválen na zasedání 7. 1. 1993. Komise koordinuje pracovníky oddělení pro soupis a studium rukopisů Archivu Akademie věd České republiky, které je jejím výkonným orgánem. Zvoleno bylo i nové vedení Komise, jejím předsedou se stal Jiří Kejř, místopředsedou Jiří Pražák a jednatelem Stanislav Petr. Na zasedání Komise 19. 12. 1996 požádal o uvolnění její předseda a zakládající člen Jiří Kejř, na jehož místo byl zvolen Ivan Hlaváček. V letech 1992–1995 byly zpracovány rukopisy v zámeckých, hradních a palácových knihovnách; výsledkem byl roku 1995 první svazek Průvodce. Roku 1996 byl získán grant na zpracování rukopisů v archivech; druhý svazek Průvodce byl publikován v roce 1998. V letech 1999–2001 byl zpracován a publikován, opět s podporou grantu, třetí svazek, evidující rukopisy v muzeích a galeriích. Čtvrtý svazek Průvodce, který podává přehled o rukopisech uložených v centrálních a církevních knihovnách v Čechách, na Moravě a ve Slezsku, byl vydán s podporou grantu v roce 2004. Uzavírá tak ediční řadu přinášející základní přehled o našem rukopisném bohatství. S podporou grantů se daří vydávat i fondové katalogy vybraných sbírek, z nichž některé čekaly na vydání dlouhá léta.
Komise je poradním orgánem ředitele Masarykova ústavu a Archivu AV ČR.
