Oddělení institucionálních fondů
Masarykův ústav a Archiv AV ČR je kontrolním článkem státní správy v zajišťování jednotné spisové a skartační služby vůči celé Akademii věd ČR. Oddělení institucionálních fondů koordinuje předarchivní péči a dohlíží nad spisovou službou na všech pracovištích AV ČR. Dohlíží rovněž nad spisovou službou u společností koordinovaných Radou vědeckých společností ČR, kterým nabízí odbornou pomoc při správě písemností, archivaci, odborném zpracování a zpřístupnění jejich fondů badatelům. Oddělení vede základní evidenci Národního archivního dědictví, do níž vedle archivních souborů trvale uložených v archivu začleňuje také archivní fondy a sbírky uložené na pracovištích AV ČR. Oddělení se zajímá o aktuální stav archivní legislativy a vývoj v oblasti elektronizace spisové služby a digitalizace. Oddělení pečuje o přibližně 300 fondů a sbírek (cca 3 km archiválií), které vznikly především činností orgánů a pracovišť Československé akademie věd (1952–1992) a Akademie věd ČR (od 1993). Součástí činnosti oddělení je péče o rozsáhlou a obsahově ojedinělou sbírku fotografického materiálu představující nenahraditelnou dokumentaci k dějinám vědy a kultury, která zahrnuje černobílé a barevné pozitivy, negativy, skleněné negativy, skleněné diapozitivy, zčásti kolorované a digitální fotografie. Veškeré svěřené archiválie jsou postupně zpracovávány a zpřístupňovány (inventáře a další archivní pomůcky). Pracovníci oddělení participují na akvizicích archivních souborů a podílí se na vědecké, publikační a popularizační činnosti ústavu.
