Česko-německá komise historiků má za úkol zkoumat společné dějiny Čechů a Němců. Těžiště její práce spočívá ve 20. století. Komise přistupuje k tématům multidisciplinárně a snaží se analyzovat historické zkušenosti, které spojují Čechy a Němce, v širokém historickém kontextu a ve srovnávací perspektivě. Komise pořádá konference a expertní jednání a vydává vlastní ediční řadu.